Final Fantasy Mystic Quest jest krótką grą i stosunkowo prostą, ale jest w niej kilka momentów podczas których Gracz może utknąć. Wygląda bowiem na to, że twórcy gry postanowili przywiązać szczególną wagę do tworzenia dość skomplikowanych labiryntów, aby skompensować krótki czas rozgrywki. Częściowo im się udało, o czym świadczy kilka denerwująco długich i pokręconych lokacji, głównie siedlisk najważniejszych bossów.
W zamyśle niniejszy opis przejścia ma za zadanie pokierować Graczem, który dotychczas nie miał za wiele styczności z seria Final Fantasy, jednakże wielbiciele głównej serii również mogą znaleźć tu coś dla siebie. Opis został podzielony na trzy części: pierwsza obejmuje trzy krainy (z wyjątkiem kryjówki trzeciego strażnika kryształu), druga końcówkę trzeciego królestwa i całe czwarte, a ostatnia część to opis kryjówki głównego przeciwnika. Linki do poszczególnych sekcji znajdują się poniżej:
Z uwagi na prostą budowę fabuły gry i brak subquestów, opis przejścia nie zawiera poświęconej im sekcji