To, oprócz fabuły, ten wyjątkowy pierwiastek, który posiadają wszystkie gry z gatunku (c/j)RPG. Nie inaczej jest w przypadku serii Final Fantasy i każdych kolejnych części spod tego znaku. W kwestii magii, piąta odsłona z powodzeniem wpisuje się w tą tradycję, łącząc w sobie zarówno sprawdzone pomysły, jak i udane innowacje.
W wypadku “piątki” można mówić o częściowym powrocie do założeń epizodów jeden i trzy, ponieważ każdy z bohaterów jest w stanie korzystać z zaklęć, jeśli szkoli się w odpowiedniej profesji. Nowością jest to, że po raz pierwszy w historii sagi, obok tradycyjnej Białej i Czarnej Szkoły Magii oraz Summonów (tutaj zwanych Esperami), pojawia się jeszcze kilka innych rodzajów mistycznej sztuki. Wśród “debiutantów” jest między innymi, doskonale znana z następnych Finali, Blue Magic (czyli Niebieska Magia), a towarzyszą jej kręgi zaklęć Wymiaru i Miecza, a także pełne niezwykłej mocy pieśni. Większą część z tego przebogatego asortymentu można kupić w magicznych sklepach(wzorem Final Fantasy 1 i 3), ale jest też spora grupa uroków, których będziesz musiał/a sam/a się nauczyć.
Ze względu na dość złożoną architekturę systemu magii, który zastosowano w piątej części sagi, niniejsza sekcja będzie wiernie odwzorowywać wprowadzony przez programistów podział. Każda szkoła otrzyma swoją osobną zakładkę, którą wywołasz, klikając na odpowiedni link w menu. Espery również się tu znajdą, ponieważ w FF 5 są traktowane jako jedna z gałęzi sztuki rzucania uroków.